"Menjadi fakultas yang unggul dalam pengembangan ilmu sosial dan politik berbasis kearifan lokal serta berdaya saing di tingkat nasional dalam mendukung pembangunan berkelanjutan di wilayah perbatasan pada tahun 2030."

Untuk mewujudkan visi tersebut, misi FISIP Universitas Musamus dirumuskan sebagai berikut:

1. Penyelenggaraan Pendidikan: Menyelenggarakan pendidikan tinggi yang bermutu di bidang ilmu sosial dan politik dengan mengintegrasikan kurikulum yang berbasis riset dan responsif terhadap dinamika daerah perbatasan.

2. Pengembangan Penelitian: Meningkatkan produktivitas penelitian yang berfokus pada isu-isu sosial, kebijakan publik, dan politik yang relevan dengan karakteristik masyarakat Papua Selatan.

3. Pengabdian kepada Masyarakat: Melaksanakan pengabdian kepada masyarakat yang aplikatif, khususnya dalam memperkuat kapasitas tata kelola pemerintahan daerah dan pemberdayaan masyarakat adat/lokal.

4. Penguatan Jejaring: Membangun kemitraan strategis dengan instansi pemerintah, lembaga swadaya masyarakat, serta institusi pendidikan lain di dalam maupun luar negeri guna memperluas akses dan kolaborasi akademik.

5. Tata Kelola Organisasi: Mengembangkan tata kelola fakultas yang akuntabel, transparan, dan berbasis teknologi informasi (sejalan dengan transformasi digital di lingkungan UPA TIK UNMUS) untuk menciptakan iklim akademik yang kondusif.